L’abbazia di San Michele Arcangelo a Passignano è un monastero della Congregazione vallombrosana situato nel territorio delle colline del Chianti, in località Passignano, nel comune di Tavarnelle Val di Pesa, in provincia di Firenze.
Il monastero adottò la regola vallombrosana già nell’XI secolo per opera di Giovanni Gualberto, che qui morì nel 1073. Più volte distrutto e ricostruito, oggi appare più come un castello che come una comunità monastica.
Il complesso monastico appare ancora oggi racchiuso all’interno della cortina muraria quattrocentesca a pianta quadrangolare con torri d’angolo ma sono evidenti le integrazioni neogotiche realizzate alla fine del XIX secolo quando, soppressa la comunità monastica, venne trasformato in una villa. La chiesa abbaziale, a pianta a croce latina, è stata quasi interamente ricostruita dalla seconda meta del XVI secolo e internamente affrescata dal Passignano e da Alessandro Allori.
Il complesso monastico dal 1986 è tornato di proprietà dei monaci vallombrosani.
L’intitolazione a san Michele arcangelo suggerisce come epoca di fondazione l’epoca longobarda, visto il particolare culto tributato all'”angelo guerriero” da parte del popolo germanico. Una leggenda afferma che il fondatore sarebbe stato un certo Sichelmo: nel Rituale Passinianense del 1316 alla data 18 ottobre risulta prescritto un ufficio in suffragio di Sichelmo e di suo fratello Zenobio; vi si legge infatti: de officio Sichelmi, qui hedificavit hoc monasterium. Un’errata identificazione di Zenobio, fratello di Sichelmo, con il santo vescovo Zanobi ha portato ad ipotizzare come data di fondazione il 395, altre ipotesi hanno suggerito come anno di fondazione l’899 ed il 989 sempre in base ad arbitrarie identificazioni di Zenobio con omonimi vescovi fiesolani.
Quel che è certo è che il monastero di Passignano nel suo archivio, contenente, un tempo, più di 6600 pergamene, conservava un atto qui rogato nel marzo dell’884 redatto alla presenza di un tale Wilerado scabino. Da un atto datato 27 marzo 903 si sa che nell’allora oratorio di san Michele di Passignano viveva una famiglia monastica presieduta da un abate e da un proposto. Nell’XI secolo la comunità fu tra le prime ad accogliere la riforma monastica di Vallombrosa, promossa da Giovanni Gualberto, divenendo una delle sedi della lotta contro la simonia.
Il primo abate vallombrosano di Passignano fu Leto che, nella primavera del 1050, era presente ad un sinodo romano e che organizzò l’incontro tra papa Leone IX e san Giovanni Gualberto, incontro che si tenne nell’estate dello stesso anno proprio in questo monastero. Un altro importante abate di Passignano fu Pietro che il 13 febbraio 1068 davanti alla Badia a Settimo camminò in mezzo al fuoco, uscendone illeso; dopo tale episodio il vescovo di Firenze Pietro Mezzabarba, accusato dai vallombrosani di simonia, dovette abbandonare la città e l’abate Pietro venne denominato Igneo.
Dopo avere passato tutta la vita a combattere per la libertà della chiesa, san Giovanni Gualberto morì nel monastero di Passignano il 12 luglio 1073; poco prima della morte aveva avuto la soddisfazione di vedere elevato al soglio pontificio il vallombrosano Ildebrando che, solo contro tutti, aveva difeso l’ordine vallombrosano dalle accuse di Pier Damiani durante il sinodo romano del 1067. Poco prima, nel 1072, papa Alessandro II, convalidò l’ordine ed elevò alla dignità cardinalizia san Pietro Igneo; una volta cardinale l’Igneo si dedicò a un’intensa attività diplomatica presso la corte dell’imperatore Enrico IV.
L’essere la custode dei resti mortali di san Giovanni Gualberto pose la badia in una posizione di prestigio nell’ambito vallombrosano. Il prestigio però le venne anche attraverso donazioni e acquisti che le permisero di amministrare non solo vasti territori nel Chianti, ma anche molti edifici adibiti al culto o all’accoglienza dei pellegrini, dei malati e dei poveri.
Nell’aprile del 1121 si accampò presso il monastero l’esercito guidato da Corrado di Scheiern marchese di Toscana che, in quell’occasione, confermò ai monaci i loro privilegi; probabilmente nel monastero soggiornò anche l’imperatore Federico Barbarossa il cui ritratto venne dipinto in una sala.
La distruzione di Fiesole nel 1125 da parte dei fiorentini fu un evento che molto influì sulla storia della badia. Dopo la distruzione della rivale i fiorentini, temendo una grave punizione da parte di papa Onorio II, si rivolsero all’abate di Vallombrosa, Atto, affinché intercedesse in loro favore presso il pontefice. L’abate si impegnò ad intervenire a patto però che il vescovo di Firenze, in cambio dei territori fiesolani occupati nel Mugello, cedesse, al vescovo di Fiesole, la pieve di Sillano, di cui il monastero era una dipendenza. La proposta venne accettata e il distacco dalla diocesi di Firenze portò anche ad un mutamento della politica del monastero. Infatti da quel momento si iniziarono a seguire gli orientamenti politici di Siena. Ciò fu anche una conseguenza dell’ubicazione del monastero: posto ai confini tra i due contadi era spesso vittima delle ostilità tra i due, subendo gravi danni.
Lo scisma che avvenne durante il pontificato di papa Alessandro III sconvolse l’intera congregazione vallombrosana; dal monastero di Passignano venne allontanato, nel 1165, l’abate Lamberto, sostenitore di Alessandro III e venne nominato, dal cancelliere imperiale, l’abate Ugo, sostenitore dell’antipapa Pasquale III. Il momento di massima tensione fu nel 1168, quando venne nominato quale antipapa Giovanni, abate del monastero vallombrosano di Strumi, che prese il nome di Callisto III; a quel punto, all’interno del monastero, si formarono due fazioni, con conseguenti disordini, che non finirono neanche nel 1169, quando Alessandro III, oltre a confermare i privilegi della congregazione, ordinò al nuovo abate di Vallombrosa Giacomo di allontanare da Passignano l’abate Ugo e di ripristinare la direzione di Lamberto. In quello stesso periodo si moltiplicarono in Toscana gli intrighi dell’imperatore di Costantinopoli Manuele che aveva come obiettivo la conquista delle terre dell’Italia centrale per compensare la perdita di quelle che i Normanni gli avevano sottratto nell’Italia Meridionale. Dall’imperatore partirono delle somme di denaro destinate al monastero di san Michele presso poggio San Donato a Siena, sottoposto a Passignano; questi denari ufficialmente erano stati inviati per il mantenimento del monastero ma in realtà, venivano distribuiti al popolo per organizzare sommosse. Intervenne il papa che, in data 16 maggio 1177, proibì queste attività. Sempre in quel periodo iniziò una controversia giuridica sul possesso di tale monastero tra Passignano e Vallombrosa, che si concluse a favore di Passignano.
In seguito alla distruzione di Fiesole del 1125, il vescovo fiesolano era stato obbligato a risiedere a Firenze ma era in progetto di trasferire la sede vescovile a Figline per sottrarsi al controllo di Firenze; questo piano era conosciuto e appoggiato da Siena, da Arezzo e soprattutto dal papa Alessandro III che approvò tale piano con ben tre bolle consecutive e, addirittura nell’ultima, considerava il progetto ormai concluso visto che conferiva al presule il titolo di Vescovo di Figline e Fiesole. A Figline erano già sorti gli edifici che avrebbero dovuto accogliere il vescovo e la badia di Passignano aveva appositamente acquistato, il 30 aprile 1175, la collegiata di Santa Maria, che sarebbe diventata la cattedrale. Tutto era ormai pronto, il vescovo fiesolano aveva chiesto aiuto agli aretini per effettuare il trasloco, ma quando i fiorentini sconfissero Arezzo in battaglia, tutto saltò e, non paghi della vittoria sul campo, i fiorentini distrussero Figline e bruciarono tutti i locali della costituenda diocesi. Dopo tali episodi iniziò una lunga serie di processi contro Passignano ed il Capitolo di Fiesole che durarono vari decenni.
Il 20 novembre 1199 Firenze impose ai monaci di Passignano il giuramento di non ordire alcun complotto né alleandosi col papa, né alleandosi con l’imperatore. Ma era tardi, poiché Passignano era già alleata della famiglia filo imperiale degli Alberti che, contro Firenze, costruì una città: Semifonte. Alla costruzione della città partecipò anche Passignano, realizzando una chiesa ed un ospedale. In un primo assalto alla città nel 1196, i fiorentini distrussero gli edifici di Passignano e nel 1202 demolirono fin dalle fondamenta Semifonte, imponendo al monastero di Passignano una tassa di 124 libbre per la sistemazione dei superstiti abitanti di Semifonte.
Oltre alle attività politiche verso la fine del XII secolo l’abate di Passignano Gregorio fu impegnato per la canonizzazione di san Giovanni Gualberto per la quale scrisse anche una nuova versione della Vita del Santo in cui introdusse anche nuove informazioni tra cui la nascita nel castello di Petroio e l’appartenenza alla famiglia dei Visdomini, famiglia cui apparteneva lo stesso abate. Il 1º ottobre 1193 avvenne la canonizzazione da parte di papa Celestino III e alla cerimonia parteciparono 23 cardinali, un arcivescovo, l’abate di Fulda e gli ambasciatori dell’imperatore bizantino e del re d’Inghilterra. L’elevazione delle spoglie mortali del Santo, ordinata il 23 maggio 1194 dal papa ai vescovi di Arezzo, Pistoia e Siena, non poté effettuarsi a causa dell’opposizione dei vescovi di Firenze e Fiesole, che ancora erano in causa con Passignano. Nel 1205 papa Innocenzo III depose l’abate di Passignano Uberto e il 27 marzo 1210 ordinò ai vescovi di Fiesole e di Firenze di elevare le reliquie del fondatore di Vallombrosa ma tale ordine venne eseguito solo il 10 ottobre dello stesso anno. In quell’occasione il corpo venne ispezionato e da esso vennero prelevate delle parti per le quali nei secoli successivi i monasteri vallombrosani fecero eseguire dei ricchi reliquiari. In seguito l’abate Gregorio venne nominato vescovo di Aquino.
Nonostante che in seguito al Concilio Lateranense IV del 1216 fosse stato istituito l’ufficio dei Visitatori per controllare che nei monasteri si osservasse la regola e l’istituzione dell’ufficio del Procuratore presso la Curia Romana per tutelate le esenzioni ed i privilegi dell’Ordine, nel 1222 il monastero di Passignano e gli altri monasteri vallombrosani si trovarono al centro di una contesa con il vescovo di Fiesole Ildebrando a causa di esenzioni fiscali. La disputa si tenne il 26 febbraio 1222 nella pieve di Santa Maria Novella, in diocesi di Fiesole. A difendere le ragioni dei monasteri intervenne Giacomo, decano di Vallombrosa, che mostrò la bolla pontificia con i privilegi. Si scatenò il parapiglia; prima il vescovo fiesolano tentò di impedire la lettura del documento poi affermò che i monasteri erano sul suo territorio e che quindi a lui dovevano pagare le tasse, infine visto che i monaci non avevano regalato nulla in occasione della sua consacrazione pronunciò un elogio degli incendiari dei beni monastici e minacciò mali peggiori per i ribelli.
Il monaco Giacomo effettuò altre missioni con risultati migliori come quella del 1210 quando consegnò a Luigi IX Re di Francia una reliquia di san Giovanni Gualberto, o come nel 1222 quando su incarico di Innocenzo III aiutò san Domenico di Guzmán nella predicazione contro gli eretici; come nel 1226 quando fece da intermediario per conto di Gregorio IX alla corte di Federico II di Svevia. Missione fallita visto che nel 1229 il papa iniziò una guerra contro l’imperatore. Per le spese militari il papa impose ai monasteri toscani della pesanti tasse, e per pagarle i vallombrosani furono costretti a impegnare quasi tutto il loro patrimonio che nel 1245, dopo una sentenza del tribunale, cadde in mano ai creditori. I beni di Passignano passarono alla famiglia degli Scolari, i quali nel 1255 occuparono il monastero tenendo prigionieri i monaci e costrinsero l’abate ad andare in giro giorno e notte con una scorta armata, non paghi distrussero il monastero e bruciarono la chiesa. Di questa situazione approfittarono gli abitanti di Poggio a Vento, un villaggio limitrofo soggetto all’autorità di Passignano, che ottennero nel 1258 di poter eleggere autonomamente i rettori del comune. A dare parere a loro favorevole fu il giurista Accursio.
I ghibellini furono cacciati definitivamente da Firenze nel 1267 e nel 1269, dopo la sconfitta a Colle Val d’Elsa anche a Siena si insediò un governo guelfo, instaurato da Simone di Montfort, vicario di Carlo d’Angiò. Questi avvenimenti ebbero ripercussioni immediate sulla vita del monastero. Nel 1272 l’abate di Vallombrosa Plebano depone quello di Passignano Rodolfo e affida il monastero a Ruggero dei Buondelmonti, guelfo, già eletto nel 1266 ma a causa del governo ghibellino instaurato a seguito della Battaglia di Montaperti non aveva potuto prenderne il possesso. Il Buondelmonti iniziò subito a ricostruire il monastero (nell’architrave di un porta è incisa la data 1294) e la chiesa che nel 1287 erano terminati e subito dopo iniziò la costruzione del campanile che era concluso nel 1297]. Per sottrarre i monasteri dall’influenza laica la Santa sede si riservava la collazione dei benefici ecclesiastici, varando all’inizio del XIII secolo il sistema della commenda.
Il 23 dicembre 1297 papa Bonifacio VIII nominò l’abate di Passignano Ruggero Buondelmonti priore generale di Camaldoli in sostituzione del priore Frediano. Prima ancora di poter prendere possesso della nuova carica, il 26 marzo 1298 lo stesso Bonifacio VIII lo nominò abate generale di Vallombrosa in sostituzione di Valentino. Per qualche anno Ruggero mantenne anche la carica di abate di Passignano e in politica si schierò con i Guelfi neri appoggiando Corso Donati. Dopo il Calendimaggio del 1300 partecipò al convegno che si tenne a Firenze nella chiesa di Santa Trinita in cui venne deciso di chiamare a Firenze Carlo di Valois e di cacciare dalla città i Guelfi bianchi, a cui apparteneva Dante Alighieri. Nel 1312 si oppose all’imperatore Enrico VII di Lussemburgo: le truppe imperiali avevano prima occupato il monastero di San Salvi per poi porre il porre il loro campo a San Casciano in Val di Pesa. Il monastero venne inserito al 29º posto tra quelli considerati ribelli all’impero. Nel novembre del 1312 nonostante il monastero fosse stato trasformato in fortezza cadde sotto l’assedio delle truppe imperiali guidate dal fratello dell’imperatore l’arcivescovo di Treviri Baldovino; il monastero venne occupato fino all’8 marzo 1313. Gli occupanti minacciarono più volte di radere al suolo il monastero e perciò i monaci fecero un voto alla Madonna che se avesse allontanato dal monastero tale minaccia in cambio avrebbero celebrato ogni anno l’8 dicembre una festa dell’Immacolata Concezione. Furono accontentati.
La vita dell’abate Ruggero Buondelmonti finì il 14 agosto 1313 presso il Guarlone assistito dall’abate di Passignano Nicola. Subito dopo la morte di Buondelmonti l’abate di San Mercuriale di Forlì Bartolo Ceci occupa il monastero di Vallombrosa ed impedisce agli abati di poter eleggere il nuovo generale dell’ordine. Per tutta risposta i monaci si riunirono presso la chiesa di Santa Trinita in Firenze ed elessero generale dell’Ordine l’abate di Passignano Nicola. Contro Bartolo Ceci si schierò anche il re di Napoli Roberto d’Angiò che pretese dal papa una punizione esemplare contro il ribelle che oltretutto era stato autore di una rivolta popolare a Forlì contro il dominio angioino. Il 2 febbraio 1317 il re di Napoli nomino l’abate di Passignano cappellano regio. Fra i prigionieri fatti da Castruccio Castracani il 23 settembre 1325 dopo la Battaglia di Altopascio figurano tre di Passignano: Puccio Lapi, Moco Compagni e Bartolo Benucci.
La ricchezza del monastero nel XIV secolo era enorme come dimostra una deliberazione emanata il 30 settembre 1370 dal vicario dell’esecutore degli ordinamenti di giustizi del comune di Firenze in cui il monastero venne condannato a pagare una tassa annuale di 320 moggia di grano.
Nel corso del XIV secolo vengono realizzate a Siena due opere per la decorazione della chiesa abbaziale: il Reliquiario di san Giovanni Gualberto, che nel XV secolo venne modificato sostituendone il busto, e nel 1358 il polittico dell’altare maggiore. Nel 1365 risulta in fase di costruzione la chiesa di San Biagio; nello stesso anno Bindo dei Buondelmonti istigò i muratori ad interrompere il lavoro e aizzò i contadini a smettere di lavorare le terre del monastero; questi fatti provocarono la reazione del comune di Firenze che intervenne ammonendolo e facendogli sapere che considerava come ribellione contro il comune qualsiasi sgarbo fatto al monastero. In quel periodo giunsero al monastero anche due lettere di Caterina da Siena in cui si esortava l’abate Martino in una e i monaci nell’altra a preferire piuttosto la morte che venire meno agli impegni derivati dalla missione religiosa.
Con lo scopo di sottrarre i monasteri al sistema della Commenda il 13 maggio 1437 papa Eugenio IV nominò abate di Vallombrosa don Placido Pavanelli, devoto di santa Giustina da Padova, e sempre nello stesso anno impone a Gomez abate della Badia Fiorentina, di inviare dei monaci nei monasteri vallombrosani per introdurre la riforma di Santa Giustina. Tra i monaci inviati c’era don Francesco Altoviti che il 7 gennaio 1441 sarà nominato abate di Passignano. È sotto il suo governo che il monastero prende gran parte delle forme che ancora oggi è possibile vedere. Nel 1454 Altoviti fu nominato anche abate di Vallombrosa. Dopo la nomina ad abate di Vallombrosa Altoviti nominò don Isidoro del Sera quale abate di Passignano e don Bernardo quale abate di san Salvi; entrambi erano monaci dell’osservanza di Santa Giustina e fu in questo periodo che tra i monaci vallombrosani si cominciò ad organizzare i cenobi secondo la riforma attuata nel monastero padovano.
Durante il pontificato di Callisto III si arrivò ad una concordia tra gli abati vallombrosani sulla regola da seguire; prima dell’approvazione il papa incaricò l’arcivescovo di Firenze Antonino Pierozzi di esaminare il testo dell’intesa che però non venne approvata a causa della morte del pontefice. Gli stessi abati presentarono una nuova richiesta al successore di Callisto III, papa Pio II, che incaricò l’abate della Badia fiorentina per la revisione dell’accordo. La nuova bozza trasformò l’ordine in congregatio, organizzata sul modello di Santa Giustina, e dava facoltà agli altri monasteri di aderirvi. Questa nuova congregazione, aveva un preside e celebrava ogni anno i capitoli dell’osservanza, venne detta Sansavina (dal monastero di San Salvi) e venne approvata dal Papa il 13 giugno 1463. Inoltre venne riconosciuto in Francesco Altoviti il generale della Congregazione; ma la concordia durò poco.
Alla morte dell’Altoviti, 22 aprile 1479, all’interno della famiglia vallombrosana avvenne lo scisma: il gruppo dei cosiddetti sansavini elesse quale generale don Isidoro abate di Passignano ma tale nomina venne contestata dai monaci di Vallombrosa che elessero un loro generale nella persona di don Biagio Milanesi che nel 1480 ottenne anche il via libera dal papa. Lo scisma però andava ricucito e così il Milanesi in accodo con l’abate di Passignano stese una bozza di accordo. Tale accordo venne approvato da Innocenzo VIII il 31 gennaio 1485; si stabilì di mettere fine alla congregazione di San Salvi, di creare la nuova Congregazione di Santa Maria in Vallombrosa e si obbligarono tutti i monasteri dell’ordine ad aderirvi sottraendosi alla commenda. Alla nuova congregazione chiese di aderire anche Passignano ma il papa fece sapere al Milanesi che il monastero era stato promesso a Lorenzo de’ Medici con la giustificazione che essendo posto in una zona militarmente strategica, quasi al confine con Siena, non poteva essere governato da abati annuali ma doveva essere una diretta dipendenza dello stato mediceo. Nel1485 don Isidoro morì e il Milanesi nominò abate di Passignano Riccardo degli Alberti, tale nomina non fu gradita dal Magnifico che organizzò una spedizione punitiva. In piena notte un esercito composto da oltre 3000 fanti preceduti dal boia entrarono nel monastero, percossero e ferirono i 25 frati presenti che caricati su muli vennero spediti a San Salvi e infine espulsero l’abate. Non era la prima volta che i monaci di Passignano si rifugiavano a san Salvi; già 1478 durante la seconda invasione aragonese del Chianti, nonostante che il monastero fosse una fortezza e disponesse di armi dell’ultima generazione, dopo che seppero della sconfitta fiorentina e dell’accampamento aragonese di stanza a Castellina, i monaci preferirono portare via tutto e mettersi al sicuro. In quell’occasione i beni portati via vennero custoditi tra i monasteri di Santa Maria Novella e Santa Verdiana. Il 25 febbraio 1487 si tenne il matrimonio tra Maddalena, figlia del Magnifico e Franceschetto Cybo, figlio del papa e come regalo Lorenzo ottenne che il monastero di Passignano, unitamente alla Badia a Coltibuono, fosse dato in commenda a suo figlio Giovanni, futuro papa Leone X, il quale nel 1499 rinunciò alla commenda in cambio di 2000 scudi l’anno quale pensione.
Verso la fine del XV secolo i lavori di ampliamento erano ormai terminati ed avevano visto all’opera maestranze lombarde per i lavori alle mura mentre per la parte in pietra erano stati chiamati gli scalpellini di Settignano. Tra questi ebbe un ruolo maggiore Mariotto di Andrea di Neri che realizzò i capitelli del chiostro, del pozzo, delle finestre e delle porte e inoltre fece il pulpito del refettorio, i beccatelli che tengono il tetto e le fessure per le bombarde. Per i lavori pittorici furono chiamati artisti locali. Bernardo di Stefano Rosselli nel 1472 dipinse le due lunette del refettorio; i fratelli David e Domenico Ghirlandaio lavorano nel monastero una prima volta dal 25 giugno al 1º settembre 1476 quando eseguirono l’affresco dell'”Ultima Cena” per il refettorio, poi tornarono una seconda volta dal 22 ottobre al 22 dicembre 1477 per affrescare la sala del Capitolo infine vi tornano una terza volta dal 13 maggio al 12 giugno 1478 per dipingere il giardinuzzo. Un altro artista qui impegnato fu Filippo di Antonio Filippelli, nativo nel borgo di Passignano e a spese dei monaci mandato a bottega dai Ghirlandaio, che qui realizzò nella galleria sovrastante il chiostro il ciclo di affreschi raffiguranti la Vita di San Benedetto. Per gli intagli lignei furono chiamati i fiesolani Giovanni e Luca che il 5 luglio 1482 finirono la bella porta che dal giardino immette nel chiostro.
La ricchezza del monastero nel XVI secolo portò i monaci a progettare l’ampliamento della chiesa abbaziale. Nel 1505 in occasione del capitolo generale l’Abate Milanesi approvò il progetto per la realizzazione di un monumento funebre a san Giovanni Gualberto. Il concorso venne vinto da Benedetto da Rovezzano che nella sua bottega a Firenze per diversi anni lavorò ai marmi. Il progetto però non fu completato. Il ritorno dei Medici al potere nel 1513 ebbe ripercussioni sulla vita dell’ordine vallombrosano che vide il proprio abate mandato in esilio. La pace con la famiglia Medici venne siglata nel 1515 in occasione della vista di papa Leone X al santuario dell’Impruneta, in quell’occasione il monastero di Passignano prestò gli arazzi per decorare la chiesa. Un nuovo ordine a completare l’opera venne dal papa Clemente VII il 2 gennaio 1526 ma rimase lettera morta.
I lavori ripresero speditamente nel 1549 quando iniziò la trasformazione della chiesa in stile manierista – barocco: la prima realizzazione fu il coro ligneo posto a metà della navata e realizzato dal monaco vallombrosano Michele Confetto. Nel 1580 venne inaugurata la cappella di san Giovanni Gualberto decorata da Giovanni Maria Butteri su disegno di Alessandro Allori; in quell’occasione venne effettuata anche una ricognizione sui resti del santo. Lo stesso Alessandro Allori realizzò gli affreschi della parte sinistra del transetto. Una nuova fase dei lavori impegnò il monastero dal 1598 al 1602. A dirigere i lavori fu Domenico Cresti, che per i suoi natali fu detto il Passignano. Sotto la sua direzione venne abbattuta l’abside romanica e venne costruita la cappella maggiore; lo stesso Passignano eseguì gli affreschi della volta e le tele lì conservate. Sempre il Passignano progettò e realizzò l’intera trasformazione della chiesa con la realizzazione della cupola e delle volte nel transetto e della navata. La decorazione della chiesa venne completata nel 1609 quando vennero realizzati gli affreschi nella cappella di san Atto, affreschi fatti da Benedetto Veli, che nel monastero aveva suo fratello don Tesauro Veli.
Come nei secoli precedenti i mutamenti politici di Firenze avevano ripercussioni a Passignano. Come detto in precedenza il ritorno al potere dei Medici comportò l’esilio dell’abate. Nel 1530 l’assedio degli Imperiali, portò all’occupazione di Firenze da parte degli spagnoli che nel 1555 aiutarono i Medici a conquistare definitivamente Siena. La nuova geografia dello stato mediceo portò il monastero a perdere l’importanza che aveva avuto in precedenza. Oltre al monastero perse di importanza anche l’intero ordine Vallombrosano ridimensionato dal Concilio di Trento e dallaControriforma, dai nuovi ordini religiosi e dalla evangelizzazione delle nuove terre che portarono ad un ridimensionamento del ruolo dei monaci. L’ordine cambiò anche nome, divenendo nuovamente Congregazione di Santa Maria di Vallombrosa e anche la sede che dal 1550 venne posta nel monastero di San Bartolomeo a Ripoli dove risiedeva l’abate generale e la curia generalizia.
Per Passignano questo fu il periodo in cui si accentuò il suo aspetto monastico divenendo sede di uno studentato. Per poter formare i giovani qui risiedevano i monaci più osservanti e istruiti dell’intera Congregazione; si iniziarono a studiare le lingue greco ed ebraico per poter studiare le sacre Scritture e inoltre in queste lingue veniva recitato anche l’Uffizio divino. Si iniziò anche uno studio approfondito della matematica e delle scienze esatte; per l’insegnamento della matematica fu chiamato nel 1588 Galileo Galilei, che in gioventù aveva avuto una esperienza monastica a Vallombrosa.
Nel XVIII secolo il monastero non rimase estraneo alle riforme propugnate dal vescovo Scipione de’ Ricci, che morì qui vicino nella sua proprietà di Rignana e lì è sepolto nella cappella di famiglia.
Tra il XVII e il XVIII secolo vennero seguito molti lavori al cenobio: tra il 1626 e il 1627 vennero realizzate due stanze per la foresteria di sopra, mentre per la foresteria di sotto furono realizzate le finestre che danno sul chiostro. Nel 1628 venne costruito il muro che collega la chiesa di San Biagio alle prima case del borgo. Tra il 1636 e il 1638 il monastero venne rifornito di acqua corrente e l’acqua raggiunse anche le stalle e l’orto dove nel mezzo venne costruita la fontana; dalla fontana l’acqua defluiva nel vivaio, dove i monaci allevavano i pesci per la quaresima, e dove venne costruito un tabernacolo. Nello stesso anno venne rifatto anche il camino della cucina e venne costruito il loggiato che lo circonda. Nel 1710 vennero rifatte le porte. Nel 1747 vennero chiusi gli archi del cortile minore, conosciuto come il grottesco, e nel 1755 vennero chiuse le logge superiori del chiostro dove vennero aperte 15 vere finestre e 8 finte dipinte.
Alla metà del XVIII secolo la comunità di Passignano era formata da 25 persone che erano: l’abate, sei monaci sacerdoti (priore, camerlengo, lettore, scriba, sacrestano, maestro dello studio), circa dieci studenti, 3 monaci conversi (portinaio, sarto e cantiniere) e sei civili (fattore, muratore, ortolano, cuoco, manovale e vetturale). Il 10 ottobre 1810 il monastero venne soppresso dalle leggi napoleoniche. La vita monastica di Passignano si interruppe e venne disperso l’intero patrimonio archivistico e tutta la biblioteca. Tutti i beni immobili furono dati in affitto: i beni oltre al monastero comprendevano ben 41 poderi e 80 case coloniche con un territorio che aveva un’estensione di oltre 2 chilometri di raggio in qualunque direzione uno guardasse per un totale di 12 chilometri quadrati di superficie. Passato Napoleone Bonaparte venne la Restaurazione e ai vallombrosani vennero restituiti il monastero di Vallombrosa, il Santuario di Montenero e la chiesa di Santa Trinita a Firenze. Solo nel 1818 i Vallombrosani riuscirono a riacquistare Passignano e l’intera tenuta; subito venne ricostituita una piccola comunità con sacerdoti e pochi monaci conversi. L’abate fu possibile nominarlo solo nel 1858 quando anche la comunità era più numerosa.
Durò poco. Nel 1866 con le leggi Siccardi vennero soppressi tutti gli ordini religiosi e il governo italiano divenne il proprietario di tutto. Assegnò in custodia ai pochi monaci rimasti una piccola parte del monastero e la chiesa che aveva funzioni di parrocchia per il borgo.
La Badia a Passignano venne messa all’asta e venduta il 7 ottobre 1870 al conte Maurizio Dzieduszycki in quanto lo stato italiano non sapeva cosa farsene; a quella data la proprietà comprendeva 39 poderi per un’estensione complessiva, boschi compresi, di 1264 ettari.
Per i monaci rimasti nel 1875 venne fatta costruite al posto di un vecchio fabbricato l’attuale canonica posta sulla sinistra della chiesa abbaziale.
Vari proprietari si sono susseguiti nel corso dei 114 anni successivi.
Il 10 ottobre 1986 i monaci vallombrosani ripresero possesso del monastero. Quel giorno si tenne la cerimonia di insediamento alla quale parteciparono molti monaci convenuti da vari monasteri, l’Abate Generale della Congregazione, il Vescovo di Fiesole e gli abitanti del borgo.
Dall’inizio del XXI secolo il monastero non è più visitabile a causa di restauri e volontà dei monaci. La domenica mattina è aperta solo la chiesa per le funzioni religiose.